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新专利法的第五章第四十二条首次从立法层面提出了新药专利权期限补偿制度，原文如下：

自发明专利申请日起满四年，且自实质审查请求之日起满三年后授予发明专利权的，国务院专利行政部门应专利权人的请求，就发明专利在授权过程中的不合理延迟给予专利权期限补偿，但由申请人引起的不合理延迟除外。

为补偿新药上市审评审批占用的时间，对在中国获得上市许可的新药相关发明专利，国务院专利行政部门应专利权人的请求给予专利权期限补偿。补偿期限不超过五年，新药批准上市后总有效专利权期限不超过十四年。

事实上，第四十二条的两个条款是针对两种不同的补偿情况，前者是“涉及到专利审查的保护及补偿”，后者才是“涉及到新药审评的专利补偿”。

对于前者而言，该条款的适用范围并不止于药品，而是所有行业，对于技术较为复杂，审查时间占用较多的专利，审查对于专利申请人利益影响较大的，在发明专利申请日开始满四年，而且提出实施审查之日起满三年，再获得中国专利授权，国务院专利行政部门将肯定专利权人的请求给予补偿。但如果由于不合理的延误将不能获得补偿。

第二款则是明确提出了“为补偿新药上市审评审批所占用的时间”。众所周知，新药研发是艰辛而漫长的过程，往往专利授权以后新药研发可能还在临床研究，而上市申请在十年，甚至二十年之后才会进行，而一般发明专利保护期限是20年，这也就造成了新药上市后专利保护期可能不到10年的现象，在不久前举行的一场行业相关会议中，来自国家知识产权局的专家曾透露，专利局曾统计，“中国和外国类似，新药上市以后原来的专利期保护大致也就剩下七八年时间。”

因此，专利权人可申请获得专利权期限补偿，并且补偿期限不超过五年，新药批准上市后总有效专利权期限不超过十四年。上述专家指出，“主要采取药品获批上市的时间，减去专利申请日的那一天，再减去五年，得到的数值，如果那个数值超过五年最长可以延长五年，如果这个数值加上原来的专利保护期，后面就是持续的保护期超过14年，最长延长至14年，这个计算方式和专利法的具体要求还是相配合的。”

但实际上，该专家还透露，针对上述新修订专利法的实施暂行办法仍存在争议，譬如在5月24日发布的暂行办法中给出的期限，“自新药上市许可请求获得批准之日起三个月内，通过纸件形式提出专利权期限补偿请求”。这一条款意味着6月1日开始施行专利法，从3月1号开始获批的新药才可以享受到这个补偿期，3月1号之前获批的则享受不到。

有法律界专家指出，“若是将专利法修正案生效之前已经在中国获批上市的新药都排除于药品专利保护期限补偿制度的适用范围之外，并基于不同获批时间给予不同的申请专利保护期限补偿的窗口期的规定，对于相关权利人而言可能有失公平。”

但上述知识产权局专家也指出，该实施细则仍是暂行办法，之后仍会根据业内建议作出修订。